انتقدت هيئة الرقابة الإدارية في تقريرها السنوي لعام 2017، المجلس الرئاسي بما سمتها المبالغة في المصروفات التسييرية دون وجود مبررات تقتضيها المصلحة العامة، إلى جانب التوسع في صرف العهد المالية والتأخر في اتخاذ الإجراءات القانونية لتسويتها.
وبين التقرير الذي يقيم الأداء الحكومي لجميع الوزارات والهيئات والقطاعات الحكومية، أن تداخل اختصاصات المجلس الرئاسي جاء بسبب عدم امتلاكه لائحة إدارية ومالية تنظم عمله، وعدم إصدار هيكل تنظيمي له، وخطة عمل تحدد الأولويات والسياسات العامة للدولة وفق الاتفاق السياسي.
